（一）脆弱的逻辑基础
一八五九年，达尔文在《物种起源》中根据一些零散的事例，鲜明地提出了进化的观点，认为今天复杂的生物界是从简单的原始生物一步步进化而来。历史好像总要在重复中循环前进。随着科学深入广泛的发展，历史流转到今天，昔日“解决”了的问题又转了回来，许多人重新陷入古老的疑问：生命到底从何而来？近二十年，大量的事实使进化论陷入了真正的危机。众多的科学发现使真理的天平明显地向人们意想不到的地方倾斜了。
比较解剖学，暴露了进化论的逻辑错误──循环论证
科学上，如果一个理论的证明违背逻辑，这个理论就不能成立，但是人们对进化论的逻辑错误却不予深究，也是因为深究起来，就没有证据可言了。许多人对这话感到惊讶？其实，问题的揭示会使你更惊讶。用比较解剖学来论证进化，形象地说就是：“如果人是猿进化来的，人和猿就会有许多相近的特征；因为人和猿有许多近似之处，所以人就是猿进化来的。”这是典型的“循环论证”，前面在逻辑上没问题（逻辑上没问题不等于合乎事实），后面就是狡辩了。换一个通俗的说法更清楚些：“如果甲是乙的弟弟，甲就比乙小；因为甲比乙小，甲就一定是乙的弟弟。”一听后面就不对，因为甲比乙小，可能甲乙没有任何亲缘，还可能甲是乙的叔叔呢（如果甲辈份大）。循环论证在逻辑上是不能成立的。
然而进化论是归纳法吗？不是，太多事实归纳不进去
有人曾说进化论是归纳法，这种逻辑思路稍难一些，其实也好理解。归纳法提出一个命题，如果能把涵盖的所有问题都能归纳进去，那这个命题就是真理。对于进化论，太多的事实归纳不进去！从前面的史前文化来看，从进化的速度、物种爆发式的产生的方式、进化的概率等等许许多多不但归纳不进去，而且都否定了进化论，可见进化论的论证作为归纳法是不能成立的，其实还是循环论证。似是而非的“循环论证”贯穿了整个进化论，人们似乎都对此习以为常了。然而当我们严格地分析起来，都会大吃一惊！即便不十分懂逻辑的人也能发现这种证明是在诡辩。
今天，站在对生命本质有了比较深入认识的水平上再看进化论，达尔文用作证据的事例就显得比较牵强，论证也谈不上严谨。为什么这么说呢？我们举个例子。在《物种起源》的第一版中，达尔文发表了一个大胆的设想。他认为一种熊可以下到水中，变成水生动物，最后变成像鲸那样巨大的生物。所以他讲，只要有足够的时间，通过自然选择，熊可以变成鲸。在以后的修订版中，达尔文把这个说法去掉了。他重新考虑后，认识到没有具体证据来证明，所以就删去了这一条说法。有趣的是，他的这个熊能通过自然选择变成鲸的观点，正是整个进化论的中心点──一个物种可以变成另一个物种。而且，鲸鱼进化的说法也沿用至今。从达尔文去掉这个例子这一点，我们也可以看到他对自己这个理论有一定保留意见甚至是疑惑。不难理解，为什么这些足以给进化论蒙上阴影的部份没有讲出来。
（二）概率计算否定了进化论的核心──基因突变机制
达尔文时代，科学正处于奠基阶段，对生命现象的认识还很肤浅。那时的人看到了家养动物的诸多杂种变异，就认为物种也能这样变成其它种，这就是进化。后来，随着基因的发现和深入研究，学者们才意识到如果基因不发生根本的变化，不管后代表面与祖先有什么差异，也没有进化意义。然而基因又是极其稳定的，只有不正常的“基因突变”才能使之发生改变，那么“基因突变”也就成了现代进化论的核心了。这是现代所有的进化论者公认的。这里，我们就集中分析这个核心。
物种的基因的稳定性极难逾越
基因的稳定性是物种保持自身稳定所必须的，同一物种不同个体的基因交流，并不能使此物种变成其它物种。动植物育种专家都知道，一个物种的变化范围是有限的。最终，培育出的品种不是不育，就是又变成原来的亲本。哈佛大学的梅尔教授称之为基因体内平衡。最常见的就是狗再怎么杂交育种还是狗。这说明进化论有一个无法跨越的障碍。在理论上，人们把突破这个障碍的可能性寄望于基因突变，这是唯一的可能了。
理论和实际上，基因突变产生高级性状的机率几乎是零
基因突变，是一种在基因复制或修复损伤等过程中发生的随机错误，所以又叫随机突变，本身就是一种病态现象。它发生的机率非常低，大约在万分之一到十亿分之一之间。低等原核生物的突变率较高，大约为千分之一，而高等类型的生物中，许多基因的突变率是十万分之一到一亿分之一。
基因突变能否产生高级特征（性状）呢？对基因的深入研究发现：这种情况发生的机率极低。我们知道一个基因的核心是由几百到几千个硷基排列而成，四种不同的硷基按照一定规则排列，不同的排列顺序形成了非常复杂精密的遗传密码。既然基因突变是随机的差错，我们就可以用一个简单的例子来分析──
我们来考虑一下这个问题：一个复杂精密的计算机程序，随意的改动一两个字符能够产生更高级的程序吗？当然不能。基因突变也是这样。差错造成的突变一般是单个硷基的变化，这种变化造成的结果往往是各种缺陷、畸形、致死，在自然条件下具有生存优势的没有发现一例。为了增加突变率用于研究，科学家们使用了各种方法增加突变的机率，制造了大量的突变体，也没发现向高等方向进化的类型。
概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度
现代进化论用基因随机突变假说解释进化的根本原因。我们知道这种突变具有随机性、低频率和不定向等，值得注意的是：在数学公式和模型普遍应用于生物学领域的今天，进化论者并没有提出一个全面的公式，计算从基因突变开始到一次进化实现的机率，因为任何一个合理的公式都会否定进化。
许多学者从基因突变发生的机率出发，计算出了产生新物种的概率，发现小得惊人。贝希（Behe, M.J.）的《达尔文的黑匣子》（Darwin's Black Box）一书中，美国生物化学家贝希以血液凝固的一系列生物化学机制为例，讲述如此复杂精密的生命现象不可能是进化出来的。其中一个蛋白（TPA）产生的机率是十分之一的十八次方，经过计算至少需要一百亿年才能发生。如果同时进化出和它相互作用的蛋白，机率就是十分之一的三十六次方……他说：“很可惜，宇宙没有时间等待。”
这里提出一个宽松的公式，根据突变机率计算进化产生新物种的概率：
通俗地说，就是一个物种的某个体发生了突变（机率M=0.001），并且突变后的基因与自身其它基因在不同层次的产物上可以相容（宽松估计C=0.01），而且在生存竞争中该个体能够存活，有繁殖的机会（R=0.1），而且突变恰好有纵向进化的意义（这种情况至今没有发现，某些进化论者估计为E=0.001），而且突变基因在种群中得以扩大（宽松的估计为S=0.1）；因为新物种的形成需要一系列新基因的出现，假设要十个（幂指数n=10，实际物种间绝对没有这么小的基因差异）那么进化出一个新物种的概率为：
按照一年繁殖十代，种群个体数为一千，相应的进化所需要的时间极为宽松的计算也需要“十的九十六次方”年。目前科学认为宇宙年龄不会超过二百亿（二乘十的十次方）年，进化一个新物种的时间，是宇宙的年龄的自乘约十次，足见进化是绝不可能的。
生物最相近的物种也不可能只差十个基因，高等生物和低等生物基因差别上万，生物从低等到高等进化所需要的时间更是无法想像的。
生命自然产生的机率，如同用飓风能完成装配飞机一样都是不可能的任务
对于生命的产生，现代进化论认为也是一个自然过程，认为简单的有机物和无机物在某种特殊条件下进化成复杂的生命大分子，各种复杂的大分子进一步组合演化形成原始生命。读到这么多串连的“理想化”过程，读者恐怕会考虑其中的机率问题了，Fred Hoyley 曾说过：“上述事情发生的可能性正如利用席卷整个废料厂的飓风来装配七四七喷射机一样。”
假设和猜测能用作证明吗？
谁都会回答：“当然不能。”如果一连串（比如五个）的假设来做证明，即使每个可能性有70％，那么总体（五个70％相乘）可信度只有16.8％了。而进化论的分子进化机制就是一系列假设的组合，已经把可能性降低到宇宙不可能等待的地步了。宇宙还没等到一个物种的进化就已经毁灭无数次了。进化怎么可能是对的呢？科学的严谨性是不能承认它的。
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